船島．傳說此地從前是個群鬼聚集的不祥之地。在現代，惡鬼也應該早被驅除，但是卻聽說有人類在這裡遭到怪物的攻擊…。原來這傳言並非空穴來風，良太郎與天津四等人為了擊退這些鬼於是來到了這座船島。這是一場因為大地震的關係，使得過去…

2008年1月の放送終了後も根強い人気を誇る「仮面ライダー電王」の最後の戦いを描く劇場版第3弾。世間で噂の幽霊列車について調査を開始したモモタロスたちの前に、“仮面ライダー幽汽”が立ちはだかる。なんとその正体は、誘拐された電王…